Program Studi Pendidikan Kimia FMIPA Universitas Negeri Yogyakarta (UNY) memiliki sejarah panjang yang mencerminkan perkembangan pendidikan di bidang kimia di Indonesia. Awal mula dari program studi ini dapat ditelusuri kembali ke kursus B-1 Kimia yang dibuka pada tanggal 22 Oktober 1956. Kursus ini kemudian mengalami perubahan struktur dan status, seiring dengan perkembangan lembaga pendidikan di Indonesia. Pada tahun 1961, kursus B-1 Kimia diubah menjadi Jurusan Kimia FKIP/B Universitas Gadjah Mada (UGM). Perubahan ini menandai awal dari pengembangan sistem pendidikan kimia yang lebih terstruktur. Selanjutnya, pada tanggal 21 Mei 1964, dengan berdirinya IKIP Negeri Yogyakarta, Jurusan Kimia FKIP/B UGM bergabung ke dalam IKIP Yogyakarta dan ditempatkan di bawah Fakultas Keguruan Ilmu Eksakta (FKIE). Pada masa ini, nama Jurusan Kimia mulai digunakan sebagai nama resmi.

Perubahan besar terjadi pada tahun 1980 ketika FKIE berganti nama menjadi Fakultas Pendidikan Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FPMIPA). Dalam perubahan ini, Jurusan Kimia juga mengalami perubahan nama menjadi Jurusan Pendidikan Kimia (Jurdik Kimia). Jurdik Kimia pada waktu itu bertanggung jawab atas Program Studi Pendidikan Kimia untuk jenjang S1 dan D3. Kemudian, pada tahun 1997, Jurdik Kimia mendapat mandat tambahan untuk membuka Program Studi Kimia jenjang S1. Perubahan ini mencerminkan adanya penambahan dan diversifikasi dalam penawaran program pendidikan kimia. Pada tahun 1999, status IKIP Negeri Yogyakarta diubah menjadi Universitas Negeri Yogyakarta (UNY). Sebagai bagian dari perubahan ini, FPMIPA bertransformasi menjadi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA), dan Jurdik Kimia mengelola Program Studi Pendidikan Kimia S1 serta Program Studi Kimia S1.

Dengan lebih dari 50 tahun pengalamannya, Program Studi Pendidikan Kimia FMIPA UNY telah berperan penting dalam meningkatkan kualitas pendidikan kimia di Indonesia. Komitmen dan dedikasi program studi ini untuk mengembangkan kurikulum yang relevan dan responsif terhadap kebutuhan pendidikan serta penelitian di bidang kimia terus menjadi landasan utama bagi kemajuan pendidikan kimia di negara ini.